Araziden Seslerimiz (2024-05-09)
Tunç Çağı Kaymakçı’sında bulunan üzümler (Vitis Vinifera) ile modern çeşitler arasında belirli renk ve aromalar için seçici tercihlere işaret edebilecek genomik değişiklikler üzerine yeni bir yayını paylaşmaktan mutluluk duyuyoruz. Ayrıntılar için aşağıya bakınız!

Kaya, Zeki, Funda Özdemir Değirmenci, Sevgi Yorulmaz, Kıvılcım B. Vural, Christina Luke, Christopher H. Roosevelt, Mehmet Somel ve David B. Neale. 2025. “Vitis Vinifera’da Genomik Varyasyon, Mevcut Çeşitlerden Çağdaş Çeşitlere (Genomic Variation in Vitis Vinifera, from Extant to Contemporary Varieties).” Plant Molecular Biology Reporter, May. https://doi.org/10.1007/s11105-025-01573-7.
Özet
Kaymakçı, Gölmarmara, Türkiye arkeolojik alanından çıkarılan 3500 yıllık kömürleşmiş asma (Vitis vinifera) tohum materyalinin antik DNA’sı (aDNA), yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisi kullanılarak tüm genom shotgun dizilemesine tabi tutulmuştur. Asma DNA dizisi verileri kalite puanlarına göre filtrelendikten ve asma DNA dosyası iki referans asma genomu (Pinot Noir-klonu ENTAV115 ve PN40024) ile hizalandıktan sonra, her iki referans genomda ortak olan 44 konsensüs eşlenmiş (CMap) antik DNA dizisi elde edilmiştir. Bu dizilerin çoğunluğu (%63,6) nükleer genoma özgü iken, sırasıyla %20,5 ve %15,9’u kloroplast ve mitokondri genomlarına özgüdür. Böylece, CMap DNA dizilerinin sırasıyla %57,1’i, %42,8’i ve %100’ü asma nükleer, mitokondri ve kloroplast DNA genomlarında daha önce tanımlanmış genlerle ilişkiliydi. Asmanın vejetatif yayılımına rağmen, eski ve modern çeşitler arasında önemli baz farklılıkları bulunmuştur; yani, CMap DNA dizileri başına ortalama SNP (tek nükleotid polimorfik) bölgeleri mitokondride 1.71 ile kloroplast dizilerinde 2.89 arasında değişmektedir. Genel olarak, bilinen genlere eklenmiş CMap DNA dizilerinde ortalama SNP’ler, herhangi bir gen ataması yapılmamış olanlara kıyasla düşüktü. Çekirdek ve organel genomlarının CMap DNA dizilerinin SNP bölgeleri ile ilişkisinin daha ileri analizi, üzüm meyvelerinin renk ve aromasını kontrol eden genleri içeren eski üzüm çeşitlerine kıyasla modern asma çeşitlerinde baz değişikliklerinin meydana geldiğine işaret etmiştir. Üzümde evcilleştirme ve klonal çoğaltmanın rolü hakkında daha fazla bilgi edinmek için, antik üzüm DNA’sı ile ilgili gelecekteki çalışmaların, şablon DNA kaynağı olarak tüm genom aDNA zenginleştirmesini kullanarak belirli gen bölgelerine odaklanması gerekmektedir. Bu çalışmanın sonuçları, gelecekte yapılacak bu tür çalışmalarda genlerin veya gen bölgelerinin tanımlanması için çok değerli referans bilgiler sağlayabilir. Bununla birlikte, eski üzüm çekirdeklerinin azlığı, eski DNA’nın bozulmuş doğası ve kontaminasyon ve yanlılığı önlemeye yönelik tedbirler göz önüne alındığında, sınırlı CMap dizileri muhtemelen eski asma genomunun yalnızca küçük bir bölümünü temsil etmektedir. Buna göre, bulgular bu sınırlamalar göz önünde bulundurularak yorumlanmalıdır.